CCL1 单细胞测序：从样本到数据的 7×24 实战守则

细胞分析实验室里，CCL1 常被当作“趋化因子"来讨论；真正让仪器工程师熬夜的，却是它背后那台单细胞测序仪。把机器跑通、数据跑准，比任何综述都值钱。

1. 开机前 30 min：环境自检清单

• 温度 22 ± 1 °C，湿度 45–55 %RH，记录到 LIMS

• 激光器冷却水压力 ≥ 0.35 MPa，否则下一步直接报错 0x0A17

• 鞘液桶剩余量 ≥ 20 %，桶壁无气泡；气泡=堵孔=数据丢 30 %

• 负压表读数 −0.55 bar，偏差 0.02 就重新校准，别等跑样一半再调

2. 芯片装载：一次错位，整板报废

1. 把 10× Genomics Chip G 从 4 °C 取出，平放 5 min 去冷凝水

2. 按住两侧卡扣，水平推入进样槽，听到“咔嗒"才算锁死

3. 在软件里点“Load"，观察摄像头画面：通道内液面呈一条直线，无分叉

4. 一旦出现“波浪纹"，立即退出，换新芯片；强行继续会让 GEM 生成率掉到 60 % 以下

3. 上样密度：每 μL 多少个细胞划算

• 目标捕获 6 000 细胞，按 60 % 回收率倒推，上样 10 000 细胞

• 用 AO/PI 荧光计数，活率 ≥ 85 %；死细胞多→游离 RNA 多→背景噪音高

• 细胞直径 ＞ 30 μm 时，先用 40 μm 滤网过滤，防止堵塞微阀

• 悬液浓度调到 700–1 200 细胞/μL，体积 40 μL；浓度过低，GEM 生成不稳，数据稀疏

4. 实时质控：三灯两图一曲线

5. 跑后清洗：别让 PEG 结晶毁了阀

1. 立即用 0.5 % NaOCl 冲洗 10 min，分解残留 PEG

2. 再用 DI 水 15 min，保证电导率回到 1 μS/cm

3. 卸下芯片，用无尘布蘸 70 % 乙醇单向擦拭表面，禁止来回擦

4. 每周做 1 次 10 % Contrad 70 浸泡，过夜，去蛋白

5. 关机前，把泵速降到 1 μL/min，让管路充满 0.02 % NaN₃ 防腐

6. 数据交付：从 FASTQ 到细胞矩阵 3 步走

• 用 CellRanger 7.2 对齐，参考基因组加 CCL1 转录本补丁，避免漏读

• 设定 --expect-cells=6000，强制软件按此范围回收，减少双细胞污染

• 输出 filtered_feature_bc_matrix 直接扔进 Seurat v5，SCTransform 一键归一化，节省 40 % 下行分析时间

7. 常见故障 24h 响应表

8. 保养周期：把“大修"拆成 5 min 小动作

• 每日：擦外壳，倒废液，记录压力值

• 每周：做满漂白-水-乙醇三部曲，拍照上传云端

• 每月：拆下微阀板，显微镜检划痕，＞50 μm 裂纹就下单备件

• 每季度：激光功率计实测，偏差 5 % 以内写进报告，超了就预约原厂校准